Consiste en la observación microscópica de una muestra de heces a la que se ha sometido a un tratamiento más o menos complejo.
Las técnicas más comúnmente utilizadas son el análisis en fresco, la sedimentación-flotación y distintas tinciones. Aunque dentro de estas técnicas hay diferencias también en el uso o no de ciertos reactivos que cada veterinario estime oportuno.
Lógicamente el precio viene influenciado por esto, lo más barato y rápido es un análisis en fresco de las heces, pero no es recomendable hacerlo con exclusividad porque conlleva el riesgo de detectar muchos falsos negativos y por ello los centros veterinarios suelen añadir otras técnicas.
Principalmente se emplea para la detección y cuantificación de parásitos, como, por ejemplo, Isospora spp, Capillaria spp., Heterakis spp. y también de ciertas bacterias. Siendo muy útil en pequeñas aves para detectar problemas digestivos que son en su mayoría el origen de los problemas en el aviario.
Siempre es recomendable disponer de muestras lo más frescas posibles y además, como la excreción de parásitos no es continua, a mayor número de muestras más posibilidades de detectar un positivo.