La cirugía tiene un papel muy secundario dentro de la patología de aves ornamentales, debido a muchos factores.
El primero está relacionado con la dificultad anestésica y quirúrgica en animales tan pequeños, a esto tenemos que añadir que el coste de cualquier operación suele superar con creces el valor que el criador da al animal y, en tercer lugar, porque estamos hablando en muchos casos de aviarios, dónde no importa tanto el individuo como el conjunto del criadero.
En este contexto, la baja de un individuo no se considera significativa, mientras que no constituya un indicio de un problema extensible al núcleo del criadero.
Sin embargo, en la clínica de animales exóticos, especialmente en psitácidas de mediano y gran porte, la cirugía está muy evolucionada, con la implantación de técnicas que pueden ser extrapolables a las aves más pequeñas.
Las patologías más frecuentes que requieren tratamiento quirúrgico incluyen por ejemplo prolapsos oviductales o cloacales, huevos atascados, otros problemas de cloaca, quistes de pluma y fistulas entre otros muchos.